近年來,長鏈非編碼RNA((long noncoding RNA, lncRNA))的研究熱度持續升溫,高分文章頻出。目前,lncRNA的研究機制比較常見的是通過ceRNA機制或結合蛋白調控mRNA,而LncRNA直接結合mRNA的研究報道相對較少。下面要講的文獻(Analysis of the androgen receptor–regulatedlncRNA landscape identifies a role for ARLNC1in prostate cancer progression),研究內容只來回圍繞一個mRNA和一個LncRNA之間的相互調控就發27分雜志。
首先看下機制圖:
是否驚訝27分的文獻機制竟如此簡單?一般的高分文章都會很復雜且涉及n多個分子!這篇文章揭示AR蛋白作用于LncRNA ARLNC1的啟動子區,促進ARLNC1的轉錄,而ARLNC1又于AR mRNA直接結合促進穩定和翻譯,從而形成一個正反饋回路。
研究路線:
1.篩選前列腺癌中受AR調控的基因
雄激素受體(AR)在前列腺癌中起重要作用,因此作者研究AR調控的基因。通過RNA seq檢測DHT處理和未處理的前列腺癌細胞(n=3),篩選受AR調控的的mRNA和lncRNA (A). 并通過TCGA數據庫篩選與前列腺癌相關的mRNA和lncRNA(B),最后發現幾個被AR正調控且在前列腺癌中上調mRNA 和lncRNA (C)
2.ARLNC1 為前列腺譜系特異性lncRNA,且在癌癥中高表達
通過整合轉錄組學分析發現ARLNC1差異受AR調控最明顯,且在前列腺癌中特異表達,因此選為目標基因,進行下一步研究。
3.ARLNC1調控AR信號通路
確定目標后就是研究ARLNC1的下游通路,通過siRNA干擾ARLNC1進行表達普芯片檢測,功能富集后發現下游基因與AR相關,這就可能ARLNC1又反饋調控AR。
4.ARLNC1和AR轉錄本共定位
接下來作者直接研究ARLNC1是否直接結合AR mRNA。首先預測兩個RNA之間是否又結合位點,通過熒光素酶報告基因實驗驗證兩者結合,通過FISH在細胞核組織中驗證兩個RNA轉錄本共定位。
1.ARLNC1作為AR陽性前列腺癌模的治療靶點
最后就是將通路回到體內驗證