原位雜交（in situ hybridization, ISH）是用標記的DNA或RNA為探針，根據堿基互補配對原則，在原位檢測組織細胞內特定核酸序列的方法。根據探針的標記物是否直接被檢測，原位雜交可分為直接法和間接法。直接法主要用放射性同位素、熒光及某些酶標記的探針與靶核酸進行雜交，通過放射自顯影、熒光顯微鏡術或成色酶促反應直接顯示。間接法用半抗原標記探針，通過免疫組織化學法對半抗原定位，間接顯示探針與靶核酸形成的雜交體。非放射性標記的原位雜交具有安全、經濟、靈敏度高等優點，因而生物素標記探針digaoxin標記探針迅速發展。
標記探針迅速發展。
1、原位雜交（digaoxin）實驗流程

1. 蛋白酶K處理

2. 預雜交

3. 探針變性

4. 雜交

5. 洗滌

6. 消化殘余的RNA

7. 封閉液封閉30min。

8. 抗體孵育1~2h。

9. 洗滌

10. 顯色BCIP/NBT顯色液加至標本上避光顯色20min。若無背景出現可繼續顯色過夜。

11. 核固紅復染，充分自來水沖洗。

12. 梯度乙醇脫水，二甲苯透明，中性樹脂封片，光鏡觀察拍照。

 
2、熒光原位雜交實驗流程（FISH）
1、脫蠟
2、蛋白酶處理
3、變性
4、雜交
5、雜交后水洗
6、檢測
7、擴增
8、DAPI封片，熒光顯微鏡拍照。