染色質免疫共沉淀

研究蛋白質與DNA在染色質環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。染色質免疫沉淀技術（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究體內DNA與蛋白質相互作用的方法。它的基本原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DN***段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。

ChIP實驗操作流程：
1、樣品準備與交聯
細胞收集后，用1%的formaldehyde處理細胞，交聯核酸與DNA結合蛋白；
2.超聲打斷染色質
裂解細胞，用超聲波將染色質超聲破碎成200－1000bp片斷；將片段分為兩份，一份用于免疫共沉淀，一份用于對照。
　　　 　
                                

     圖1染色質免疫共沉淀實驗流程           圖2　超聲破碎后DNA電泳圖（lane2） 

3、免疫共沉淀(IP)
取B步驟所得一份片斷與ChIP特異抗體結合進行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗體復合物。
4、解交聯及純化DNA
將富集的DNA/蛋白復合物解交聯釋放DNA片段，并進行純化（IP DNA）；B步驟所得用于對照（Input DNA）的片斷作不進行IP實驗，但也要解交聯并純化。
5、DNA段PCR擴增
針對ChIP DNA, Input DNA及對照DNA的目的片段設計特異性引物并進行熒光定量PCR擴增。
 6、結果分析
%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%
Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]