miRNA芯片數據發掘分析
 

• 芯片聚類分析

二、microRNA靶基因預測
“TargetScanS”，“miRanda (miRBase)”，“miRGen”等數據庫預測差異microRNA的所有靶基因。

• 靶基因GO分析

根據Gene Ontology數據庫對靶基因進行功能顯著分析，從而篩選顯著性功能的靶基因。

 
 
 
 
 

• 靶基因pathway分析

根據KEGG數據庫對靶基因進行Pathway分類，并進行顯著性分析從而得到顯著性的Pathway分類。

• 構建MicroRNA與基因的調控網絡

通過構建MicroRNA與基因的調控網絡，可以從中找出hub基因及hub microRNA.

• microRNA 、靶基因、轉錄因子調控網絡

microRNA也會受到轉錄因子調控造成表達差異，通過系統研究轉錄因子與基因間的調控關系，可以為尋找重要轉錄因子及重要基因提供線索。

• microRNA啟動子分析及甲基化位點分析

當microRNA研究日趨火熱，越來越多的研究者開始關注microRNA本身甲基化變化。MicroRNA基因的甲基化變化也是造成microRNA表達差異的重要原因。