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APASdb: 選擇性多腺苷酸化數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2023-07-17
APASdb數據庫具有可視化所有基因在全基因組范圍內不同APA亞型的精確圖譜和使用量化的功能......


選擇性多腺苷酸化(APA)在從原核生物到真核生物的基因表達調控中發揮著基本作用,使單個基因能夠編碼具有不同編碼蛋白和/或3'-非翻譯區(3'-UTR)的多種mRNA變體,并可能影響mRNA的定位、穩定性和翻譯效率。根據細胞和組織類型和/或加工時的生理和病理條件,越來越多的基因被證明會經歷如此重要的3'-加工,因此迫切需要構建關于APA的全基因組數據庫,以更好地理解特定生物學的poly(A)位點選擇和APA指導的基因表達調控。

APASdb數據庫具有可視化所有基因在全基因組范圍內不同APA亞型的精確圖譜和使用量化的功能。

http://ac.agrogene.ac.cn/utr/



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在搜索模塊中,通過選擇特定物種(人、小鼠、斑馬魚)后,可以使用基因ID、基因名稱、符號和模糊描述等關鍵字進行直接查詢。以人乳腺癌CXCL12基因為例:



在結果頁面,點擊image.png可以展開具體信息,在基因組中瀏覽APA位點:



點擊image.png,跳轉到該位點詳情頁,可以CXCL12在不同細胞中的具體信息:



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該模塊在線提供與基因組、基因、轉錄物和轉錄物注釋相關的APA站點的交互式和動態瀏覽。提供了概覽、區域和細節等三個層次的選擇性視圖,用于瀏覽幾個參考基因組中的APA位點:


 

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該模塊用于輸入特定序列進行APA位點的預測: