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RNAPhaSep:一個RNA相分離數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2022-03-11
福州醫科大學團隊開發了一個RNA 相關的相分離的數據庫——RNAPhase,該數據庫相關文章刊登在Nucleic Acids Research期刊......


除了典型的膜結合細胞器外,真核細胞還含有大量無膜細胞器 (MLO),它們集中特定的蛋白質和核酸集合。液-液相分離(LLPS)是一種描述從單一均勻混合物中形成兩種不混溶流體的現象,已成為解釋細胞如何在時空上產生MLO 的一般機制。迄今為止,已經發現了大量的MLO,包括但不限于應力顆粒、P 體甚至核仁。這些MLO涉及廣泛的細胞功能,組織在從 RNA 代謝到信號傳導到基因調控的過程中起作用的分子。此外,異常的MLO行為與多種人類疾病有關,例如神經退化和癌癥。

識別驅動或經歷LLPS的分子是理解 MLO 機制的基礎。許多相分離的生物凝聚物來自蛋白質和RNA。許多核和細胞質凝聚物富含RNARNA結合蛋白 (RBP),它們在LLPS中發揮作用。蛋白質在凝聚中的作用已得到充分研究 ( 17 )。然而,很少有人關注 RNA LLPS 的貢獻。作為一種陰離子聚合物,RNA是實現多價和調節RBP的絕佳平臺。縮合物中的肽通常包含低復雜度結構域 (LCD) 或本質上無序區域 (IDR),它們能夠實現弱和多價相互作用以促進類似液體的特性,而RNA中非結構化序列的類似作用可能有助于 RNA 驅動的相分離。最近的研究結果證實,RNA可以作為“支架”發揮作用,并在MLO的播種或成核中發揮重要作用。實驗證據表明,RNA 自組裝有助于應激顆粒的形成并定義了應激顆粒轉錄組。此外,除了驅動LLPS,不同的RNA特性,如組成、長度、結構、修飾和表達水平,可以調節天然縮合物的生物物理特征,包括它們的大小、形狀、粘度、流動性和表面張力。

現階段五個專注于進行 LLPS 的蛋白質的數據庫,包括 LLPSDB、PhaSePro、PhaSepDB、DrLLPS RNAGranuleDB。在過去五年中,大量文章報道了RNA 參與 LLPS 的案例,然而上述數據庫缺乏相關數據。為此福州醫科大學團隊開發了一個RNA 相關的相分離的數據庫——RNAPhase,該數據庫相關文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),題名為RNAPhaSep: a resource of RNAs undergoing phase separation。網址:http://www.rnaphasep.cn/。RNAPhaSep收錄了1113個關于RNA自組裝或RNA和蛋白質共同參與的相分離事件的精選條目,涉及22個生物體的325個非冗余 RNA。我們將條目與RNARNA加蛋白質名稱合并以減少數據冗余,并將所有條目分配給628個唯一的ID。為每個 RNA收集和組織 RNA 特性,例如組成、物種、分類、序列、長度、結構、亞細胞定位、RNA 相互作用鄰居、相關分子功能和疾病。



RNAPhaSep開發了一個用戶友好且功能齊全的網站,用于搜索、瀏覽和下載RNA相關的相分離數據。該數據庫包括八個模塊,包括主頁、搜索/爆炸、瀏覽、提交、下載、統計、幫助和聯系模塊。

為方便用戶搜索數據,RNAPhaSep Search/Blast頁面提供了兩種不同的搜索方式,包括“By options”(按關鍵字、組分類型、物種和 RNA 類型的組合搜索)和“By RNA sequence” '(通過輸入RNA序列進行搜索)。對于“按選項搜索”,提供了三個典型示例。通過點擊示例按鈕,選項信息被自動應用,然后通過點擊“搜索”按鈕,“搜索結果”以表格形式呈現。“按 RNA 序列搜索”模塊使用戶能夠識別其目標 RNA 與數據庫中存儲的 LLPS 相關 RNA 之間的序列相似性?!八阉?/span>/爆炸”模塊可以幫助用戶快速篩選他們感興趣的 RNA 在有或沒有任何合作伙伴的可用條件下對 LLPS 的貢獻。