TISCH：腫瘤微環境的 scRNA-seq 數據庫

TISCH收集了人類和小鼠的腫瘤相關 scRNA-seq 研究，除了未經治療的患者的數據集外，還包括那些接受過治療的患者的數據集。該數據庫在單細胞水平上提供詳細的細胞類型注釋，從而能夠在不同的癌癥類型中探索腫瘤微環境。

http://tisch.comp-genomics.org/

l  Dataset

該模塊是根據癌癥類型進行搜索。用戶可以選擇感興趣的癌癥類型、免疫細胞類型，然后選擇是否接受過治療/接收什么類型的治療，選擇轉移或原位腫瘤，將在下方顯示符合用戶選擇條件的數據集。點擊“Compare”可以進行分析：

頁面下方將顯示UMAP圖，在箭頭所指處輸入感興趣的基因后進行搜索，將在右側展示該基因的表達情況。

l  Gene

在該模塊中，用戶可以輸入感興趣的基因，然后選擇癌癥、細胞類型。最后根據用戶的需求選擇數據集，點擊“Search”進行搜索。

將在頁面下方顯示熱圖，點擊箭頭所示處可以下載圖片；點擊左側數據集名稱將獲得該數據集的小提琴圖，以反映所有選定數據集中不同細胞類型的基因表達 (logTPM)。