在腫瘤微環境中,由于基因表達和調控的微調,細胞表現出不同的細胞行為。 細胞特異性基因調控網絡的識別將有助于我們了解單個細胞的疾病病理,進一步為精準醫療做出貢獻。
為了根據“One Cell,One World”的觀點打開疾病個性化表征的新大門,研究人員構建了綜合數據庫 LnCeCell,該數據庫記錄了來自25種癌癥、細胞特異性 lncRNA 相關的 ceRNA 網絡和基于高質量已發表的文獻和單細胞基因組學數據的生物標志物。http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/
該數據庫主要有以下7個分析模塊,因為操作比較簡單,所以接下來為您介紹其中的3個模塊:
1. Cell Map
點擊“CeRNA”,可以根據lncRNA/mRNA進行搜索;點擊“Cell”,可以根據細胞類型進行搜索。結果頁面的圖片均可下載。
2. Cell Location
該模塊可以查詢ceRNA的亞細胞定位。紅框標注的細胞器為該基因在細胞中的定位:
3. Cell Network
該模塊可以對lncRNA的ceRNA網絡進行可視化展示:
該數據庫中收錄的數據均可進行免費下載: