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RPS:涉及液-液相分離的RNA綜合數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2021-12-27
中山大學團隊建立了一個液-液相分離的RNA綜合數據庫——RPS(http://rps.renlab.org),該數據庫......

-液相分離 (LLPS) 是一種可逆過程,可推動無膜細胞器 (MLO) 的形成,例如核仁、P 體和應力顆粒。在 LLPS 過程中,包括蛋白質和 RNA 在內的許多生物分子聚集在一起形成生物分子凝聚物,這在許多生物過程的調節中起著關鍵作用,例如細胞應激反應、體內平衡維持和發育。同時,越來越多的證據表明,LLPS 的失調與多種疾病密切相關,例如肌萎縮側索硬化(ALS)、額顳葉癡呆(FTD)、阿爾茨海默病(AD)、癌癥以及傳染病。

近年來,新出現的證據證明 RNA LLPS 的調節中也具有基礎性作用。人們已經認識到,RNA 在細胞核中充當緩沖液,在那里高濃度的 RNA 使 RBP 保持可溶。此外,RNA 可以在沒有蛋白質的情況下進行相分離并促進或抑制相分離。與蛋白質類似,RNA 也可以作為生物分子組裝的種子,例如 lncRNA NEAT1,它通過與其他 RBP 相互作用來構建副斑點,從而起到支架的作用。此外,大量研究表明依賴于 RNA 的縮合物受到各種 RNA 特性的嚴格調控,例如 RNA 序列、結構、RNA 修飾、RNA-RNA 相互作用和 RNA-蛋白質相互作用。研究表明相對長的轉錄本優先參與SGs的形成,SGs有更多的位點與RNA結合蛋白 (RBPs) / RNAs 可能發生相互作用。此外,與結構性較差的 RNA 相比,高度結構化的 RNA 可以重新排列蛋白質聚集體的組成,以便與蛋白質進行更多的相互作用。G-四鏈體 (GQ) 是一種特定的 RNA 三級結構基序,可以在體外生理條件下觸發 RNA 相分離。RNA 修飾等其他特征在相分離中也很重要。例如,N6-甲基腺苷(m 6A) 作為最普遍的 mRNA 修飾,被認為是結合哺乳動物細胞中 YTHDF 蛋白的多價支架。此外,RNA 表達水平對于凝聚物的形成和維持是必不可少的。最近對凝聚轉錄組的研究表明,SGs 的組裝依賴于哺乳動物和酵母細胞中翻譯不佳的 mRNA 的凝聚。值得注意的是,據報道,突變會影響依賴于 RNA LLPS。例如,C90orf72 基因中引起疾病 G4C2 重復擴增已被證明可在體外和體內介導 LLPS。總的來說,RNA 中編碼的這些特征賦予特定的凝聚物生物物理特性,這對于穩態中的凝聚物功能至關重要。

    許多研究已經關注了 RNA LLPS 中的作用,但仍然沒有關于 LLPS 相關 RNA 的綜合數據資源。中山大學團隊建立了一個液-液相分離的RNA綜合數據庫——RPShttp://rps.renlab.org),該數據庫相關文章發表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),題名為:RPS: a comprehensive database of RNAs involved in liquid-liquid phase separation。該數據庫包含 20 種不同的真核生物和病毒生物分子凝聚物中的 LLPS 相關RNARPS 包含21613LLPS相關RNA,來源于文獻挖掘、基于交互網絡的高通量分析和預測。RPS 提供 LLPS 相關 RNA LLPS 過程的基本信息,以及豐富的 RNA 注釋,包括序列、RNA 二級結構、RNA-RNA/RBP 結合位點和修飾。