活細胞釋放的細胞外囊泡(EVs)是信號轉導和細胞通訊的重要載體,尤其是遠距離細胞之間的相互作用。從內體系統分泌的外泌體和從質膜脫落的微泡 (MVs)是 EVs 的兩個主要來源。EVs的內容物包括來自源細胞的多種生物分子,如脂質、蛋白質、代謝物、DNA和RNA。非編碼 RNA (ncRNA) 是 EVs 中經過充分研究的重要分子,可以傳遞到和調節靶細胞,并顯示出生理和病理特異性,可作為候選生物標志物。ncRNA作為重要的調控成分在生物過程中發揮著至關重要的作用,其表達譜在正常和疾病狀態下差異很大。例如,微小RNA(miRNA)、小核仁RNA(snoRNA)和轉移RNA(tRNA)的失調是腫瘤發生中的常見事件。
今天我們來講一個關于人類細胞外囊泡中ncRNA表達的數據庫:EVAtlas ( http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVAtlas),該數據庫相關文章發表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972)。數據庫包括24 種條件和 40 多種疾病的人類2030個EV(1506 sEV 和 524 lEV)small RNA測序數據,量化七種 ncRNA 類型(miRNA、snoRNA、piRNA、snRNA、rRNA、tRNA 和 Y RNA)的表達譜。
目前,EVAtlas是EV ncRNA表達最全面的資源,已成為該領域研究的關鍵資源。首先主頁如圖所示,簡單介紹了數據庫基本情況和EVs中小RNA表達。搜索框中可以直接搜索小RNA名稱,會顯示基本信息,組織、表達、體液表達、功能、TCGA中腫瘤表達、相關藥物和靶基因。
在左側我們可以根據樣本情況進行篩選,包括肺、淋巴、胃等組織樣本,還有母乳、血清血漿和唾液等樣本
在Specific Expression界面,用戶可以 獲得24 種條件下 EV 中特異性表達的 ncRNA,點擊某一特定條件即可獲得相應條件下特異性表達的ncRNA。
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