GEPIA是目前我國(guó)在利用TCGA數(shù)據(jù)做可視化分析上,比較著名的一款在線工具。GEPIA是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器,使用標(biāo)準(zhǔn)處理管道分析來(lái)自TCGA和GTEx項(xiàng)目的9,736個(gè)腫瘤和8,587個(gè)正常樣品的RNA測(cè)序表達(dá)數(shù)據(jù)。因其簡(jiǎn)潔有效具有良好的操作性,不少生信分析科研文章的文章里figure都來(lái)自GEPIA。
現(xiàn)在我們以“LAYN基因與乳腺癌生存率的相關(guān)性分析”為例,來(lái)演示Prognoscan的使用方法:
1.首先打開(kāi)GEPIA地址(http://gepia.cancer-pku.cn/),選擇“Multiple Gene Analysis”→“Correlation Analysis”
2.填寫(xiě)X軸和Y軸基因(這里我們都寫(xiě)成LAYN基因,作為演示)→“Correlation Coefficient”選擇“Spearman”→把TCGA的Tumor和Normal中的癌癥類(lèi)型依次add到右邊的“Used Expression Datasets”中
3.點(diǎn)擊“Plot”成圖
今天的分享就到這里啦,希望能幫到苦心科研的你,我們下次再見(jiàn)!