tRF調控LTR-反轉錄轉座子
tRF調控LTR-反轉錄轉座子
背景簡介
? 1轉座子（Transposon），是真核生物基因組中普遍存在的一類可移動的遺傳因子。它們在基因組中通過轉錄或逆轉錄，在內切酶的作用下，在其他基因座上出現。I型是反轉錄轉座子，在轉座時先轉錄成RNA，再反轉錄成DNA，插入到新的染色體位點，包括長末端重復類反轉座子LTR retrotransposons，末端具poly-A尾巴或者As。根據轉座的自主性，這類元件又可以分為自主轉座元件和非自主轉座元件，前者本身能夠編碼轉座酶而進行轉座，后者則需在自主元件存在時方可轉座
? 2 逆轉錄酶的作用是以dNTP為底物，以RNA為模板，tRNA(主要是色氨酸tRNA)為引物（大部分LTR逆轉錄轉座子需要利用tRNA增殖，根據結合的tRNA進行分類，最活躍的是ERV-K）在tRNA3′H末端上，按5′→3′方向，合成一條與RNA模板互補的DNA單鏈，這條DNA單鏈叫做互補DNA(complementary DNA, cDNA)，它與RNA模板形成RNADNA雜交體。隨后又在反轉錄酶的作用下，水解掉RNA鏈，再以cDNA為模板合成第二條DNA鏈。至此，完成由RNA指導的DNA合成過程。
? 3 TEs對生物進化有明顯影響，比如在基因突變、基因組進化和物種形成方面起重要作用。高等植物的轉座子標簽法基因研究
? 轉座子激活使細胞失去表觀遺傳的沉默，是細胞內源的潛在危險因素。小鼠LTR-反轉錄轉座子即內源反轉錄病毒導致很多基因插入，并在胚胎植入前的干細胞中組蛋白H3賴氨酸三甲基缺失時大量表達。這些細胞中含大量18nt tRF，并普遍表達22nt tRF，其結構包括成熟tRNAs 3’端CCA序列和ERV反轉錄引物結合位點。作者證實兩個ERV家族成員：IAP和MusD/Etn是上述兩種tRF主要目標，反轉錄轉座實驗被tRFs顯著抑制。22nt tRF發揮miRNA功能，使ERV轉錄沉默，18nt主要干擾反轉錄和轉座子移動。tRF通過與發揮反轉錄引物作用的tRNA競爭性結合PBS(primer bingding site)，抑制ERV第一條cDNA鏈的合成，這是sRNA介導的轉座子調控的潛在機制。
? 轉座子元件和它的重復序列驅動轉錄可以重組染色體，引發異染色體，但是TE移動能力受嚴格的控制。TE轉錄通常被表觀遺傳如DNA甲基化或者組蛋白修飾所抑制。干細胞利用基因組程度的遺傳外重編程獲得多樣性并且從而釋放TE轉錄控制。DNMT1引起的DNA甲基化抑制非LTR的元件和少部分LTR-逆轉錄轉座子，但是SETDB1抑制大部分LTR-逆轉錄轉座子。SETDB1敲除的ESCS 沒有H3K9甲基化，表達ERV，變成類滋養層，移植到胚胎的時候變成胎盤。
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