造血系統是脊椎動物最具特征的發育系統之一,是成體干細胞多譜系分化的模型系統。造血干細胞(HSC)通過其自我更新或分化為成熟細胞類型的能力來維持循環血細胞的產生。最原始的HSC具有多譜系潛力,但會產生譜系限制增加的祖細胞。然而,控制人類成年HSC及其后代身份的基因調控網絡的組成部分和層次結構,以及它們在白血病細胞中被劫持或重新激活的機制,仍不完全清楚。
譜系決定轉錄因子(TF)及其結合和調節的基因組區域是控制細胞身份的關鍵組成部分。了解轉錄因子如何在造血干細胞和祖細胞分化過程中相互合作并與其他基因組調節因子相互作用以調節基因表達,是提高我們對正常血液發育以及這些過程在白血病中如何被破壞的理解的關鍵。
BloodChIP-Xtra是一個用戶友好的數據庫,有助于全基因組探索和可視化罕見的原代人類造血干細胞(HSC-MPP)和祖細胞(CMP、GMP、MEP)以及急性髓系白血病(AML)細胞系(KG-1、ME-1、Kasumi1、TSU-1621-MT)中的轉錄因子(TF),以及來自這些和原發性患者AML的染色質可及性和基因表達數據。用戶可以導出所有查詢以及完整的數據庫,以便進行進一步的數據分析。 http://bloodchipxtra.vafaeelab.com/
l SEARCH-按照基因名
首先,選擇需要展示的轉錄因子和表觀修飾基因,以及細胞類型:
然后,數據基因列表,格式如下:
點擊“Search”進行搜索后,結果會在下方進行展示:
點擊結果中的藍色字體可以查看該結果下的詳細信息,如“TF”:
點擊下方的“Export XXX”即可將搜索結果以csv格式進行下載。
II SEARCH-按照轉錄因子
除根據基因名進行搜索,還可以根據轉錄因子進行搜索。點擊“Add Filter”添加感興趣的基因后,點擊“Apply Filter”:
結果中將展示由以上轉錄因子調控的所有基因: