食管鱗狀細胞癌（ESCC）是全球最常見的食管癌，在癌癥中發病率排名第七，死亡率排名第六。全球超過一半的ESCC病例發生在中國。盡管ESCC的治療策略取得較大進展，但其癥狀發作較晚且具有腫瘤異質性，這意味著大多數患者的預后較差。因此，了解疾病如何進展并確定可靠的預后標志物可能會改善ESCC的治療和監測，從而改善預后。該研究發表在《Cell Death Discovery》，IF：7.109。

技術路線：

主要研究結果：

1. circTRPS1-2在ESCC組織中的表達

對三對匹配的ESCC和相鄰正常組織進行高通量測序，確定了2685個在癌癥中上調的circRNA和4881個下調的circRNA（圖1a, b）。用fold change≥2和P＜0.05的臨界標準，確定了5個上調的circRNA子集（hsa_circ_0006156、hsa_circ_0003764、hsa_circ_0000198、hsa_circ_0007324和hsa_circ_0016600）和41個下調circRNA的子集（圖1c）。使用一組獨立的30對ESCC和相鄰正常組織，作者驗證了5個上調的circRNA和以下10個下調最多的circRNA（圖1d）：hsa_circ_0026782, hsa_circ_0085362（circTRPS1-2）， hsa_circ_0078299, hsa_circ_0000099, hsa_circ_0008967, hsa_circ_0001546, hsa_circ_0001882, hsa_circ_0001073, hsa_circ_0000638和hsa_circ_0000117。用引物檢測的特異性較弱的circRNA被排除。最后，作者決定關注最失調的circRNA, circTRPS1-2，進行進一步研究。

圖1通過ESCC組織高通量測序鑒定circTRPS1-2

2. circTRPS1-2在ESCC中的表達下調及亞細胞定位

根據UCSC基因組瀏覽器（GRCh37/hg19），CircTRPS1-2位于染色體8:116599227-116635985（圖2a）。該基因由TRPS1基因的第2外顯子到第5外顯子反向剪接產生，長度為2821 bp（圖2b）。作者發現，與HEECs相比，circTRPS1-2在K150和E109細胞系中均下調（圖2c）。反向剪接通過qRT-PCR產物的Sanger測序進行驗證（圖2d）。發散引物可從cDNA而非基因組DNA擴增circTRPS1-2，而聚合引物可從cDNA和基因組DNA擴增線性TRPS1（圖2e）。這些結果支持以下觀點：circTRPS1-2是通過反向剪接而不是反式剪接或基因組重排產生。CircTRPS1-2的環狀結構通過其對RNAse R消化的抗性得到了證實（圖2f）。根據FISH（圖2g）和核質分選（圖2h），CircTRPS1-2主要定位于細胞質和細胞核。

圖2circTRPS1-2在食管鱗狀細胞癌組織中的表征和亞細胞定位

3. circTRPS1-2在ESCC中表達下調并與不良預后相關

在一組30例匹配的ESCC和相鄰正常組織中，作者發現circTRPS1-2在腫瘤中顯著下調（圖3a）。在BaseScope檢測中獲得了類似的結果，環狀RNA主要定位于細胞質和細胞核（圖3b, c）。在30例患者中，circTRPS1-2表達低于中位水平的患者3年總生存率顯著低于表達高于中位水平的患者（圖3d）。circTRPS1-2可能作為腫瘤抑制因子對抗ESCC，其低表達預示不良預后。

圖3circTRPS1-2在ESCC中表達下調，其表達與患者預后呈正相關

4. CircTRPS1-2抑制ESCC細胞的增殖和遷移

為了研究circTRPS1-2在ESCC細胞中的生物學功能，作者在兩種ESCC細胞系中分別轉染過表達circTRPS1-2的質粒和敲低circTRPS1-2的siRNA（圖4a）。這些轉染沒有顯著影響線性TRPS1的表達（圖4b）。基于克隆形成實驗（圖4c, d），EdU摻入實驗（圖4e, f）和CCK-8實驗（圖4g)，過表達circTRPS1-2顯著降低了ESCC細胞的活力和增殖能力。基于傷口愈合（圖4h, i）和transwell遷移（圖4j, k）的實驗，它還顯著降低了ESCC細胞的遷移能力。敲低circTRPS1-2具有相反的作用。

圖4circTRPS1-2抑制ESCC細胞增殖和遷移

5. CircTRPS1-2抑制體內腫瘤的發生和轉移

作者通過皮下或尾靜脈給小鼠注射了已感染過表達circTRPS1-2或shRNA的重組慢病毒的K150細胞，以敲低circTRPS1-2。在皮下腫瘤實驗中（圖5a），過表達circTRPS1-2導致腫瘤體積（圖5b）和重量（圖5c）顯著減小。而敲低circTRPS1-2則產生相反的作用。在腫瘤轉移實驗中，敲低circTRPS1-2顯示出顯著更多的淺表轉移（圖5d）、肺轉移（圖5e, f）和表面和深部的總體轉移（圖5g）。過表達circTRPS1-2顯示更少的肺轉移（圖5f）和總轉移（圖5g）。

圖5CircTRPS1-2在體內抑制ESCC的發生和轉移

6. CircTRPS1-2可能調控核糖體的生物發生

為了闡明circTRPS1-2在ESCC中發揮腫瘤抑制作用的通路，作者在K150細胞中免疫沉淀RNA，并使用質譜鑒定了潛在的蛋白結合伴侶。在排除了由正義和反義RNA探針拉下的26個蛋白質后，作者分析了與正義探針特異性結合的15個蛋白質（圖6a）。與之前的研究不同，作者在RNA pulldown實驗中沒有檢測到Argonaute2，這表明microRNA海綿可能不是circTRPS1-2的主要功能機制。GO和KEGG富集分析表明，這15種蛋白與核糖體和核糖體RNA在核糖體和細胞質中的加工密切相關（圖6b, c）。作者假設circTRPS1-2可能參與核糖體的生物發生，因此作者在15個候選相互作用子中檢測了5種核糖體蛋白：S4X、S8、S24、L7和L11。作者使用RNA pulldown證實circTRPS1-2直接與這些蛋白質結合，隨后使用蛋白質印跡法（圖6d）；使用RNA免疫沉淀，隨后進行qRT-PCR（圖6e）；以及使用免疫熒光染色（圖6f），將所有5種核糖體蛋白定位到細胞質和細胞核，類似于circTRPS1-2。接下來，作者用過表達或敲低circTRPS1-2的重組慢病毒感染K150細胞。根據260nm處的吸光度（圖6g），過表達導致細胞提取物中核糖體水平較低，且降低到較高水平（圖6g）。電鏡觀察顯示，過表達導致核糖體數量和核仁減少，而敲低則相反（圖6h）。

圖6circTRPS1-2與核糖體蛋白的結合及其對核糖體生物發生的影響

結論：

該研究發現了一個新的circRNA，circTRPS1-2，可以通過減少核糖體的產生來抑制ESCC的增殖和遷移，并確立了它在ESCC治療和預后預測中的潛在用途。

參考文獻：

Zhao R, Chen P, Qu C, Liang J, Cheng Y, Sun Z, Tian H. Circular RNA circTRPS1-2 inhibits the proliferation and migration of esophageal squamous cell carcinoma by reducing the production of ribosomes. Cell Death Discov. 2023 Jan 12;9(1):5. doi: 10.1038/s41420-023-01300-9.