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PCRMs:基因組中預測的順式調節模塊和組成轉錄因子結合位點的數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2022-05-11
PCRMs數據庫目前包含人類和小鼠基因組中準確預測的 CRM和組成TFBS的最完整集合。原則上,CRM 中 TFBS 的變異會影響......


順式調節模塊 (CRM),例如增強子、啟動子、消音器和絕緣子,由短 DNA 序列簇組成,轉錄因子(TF)與CRM中轉錄因子結合位點(TFBS)結合以調節許多生物過程中靶基因的表達。原則上,CRM 中 TFBS 的變異會影響同源 TF 的親和力,導致組織中特定細胞類型的染色質修飾和靶基因表達發生變化,最終導致復雜性狀的多樣性,包括對常見復雜疾病的易感性。

PCRMs數據庫目前包含人類和小鼠基因組中準確預測的 CRM和組成TFBS的最完整集合。https://cci-bioinfo.uncc.edu/

                                               


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選擇物種人或者小鼠,選擇感興趣的染色體,最后選擇P值,點擊“Search”進行搜索,結果頁面如下:


點擊“CRM ID”可以展示CRM的詳細信息:


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Functional Analysis



該模塊包括3種分析:(1) 基因最接近的CRM、 (2) 基因周圍給定基因組范圍內的CRM、 (3) 給定TF的CRM中的 TFBS