公共比較毒理基因組學數據庫(CTD,http://ctdbase.org/)是一個創新的數字生態系統,它將化學品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學信息聯系起來,以促進對人類健康的了解。整合了基于文獻、人工策劃的交互,以創建一個知識庫,協調跨物種異質數據的化學暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中,報告CTD的含量增加了20%,現在提供了4500萬個毒性基因組關系,涉及600個比較物種的16300多種化學品、51300個基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外,通過CTD疾病頁面上的新數據選項卡(幫助填補環境健康方面的知識空白)和新的表型搜索參數(用于批量查詢和維恩分析工具),增加了化學表型內容的功能。此外,還介紹了新的CTD解剖學頁面,允許用戶從解剖學角度獨特地探索和分析化學-表型相互作用。最后,用新的基于文獻的化學同義詞增強了CTD化學頁面(以改進查詢),并添加了1600個基于氨基酸的化合物(以增加化學景觀)。總之,這些更新繼續增強CTD作為一個強大的資源,以產生關于環境影響疾病的病因和分子機制的可測試的假設。
首先這是首頁界面,可以根據自己想了解的疾病、化學品、基因和通路等進行搜索。我們以氣道梗阻為例,首先進入視野的就是進本信息,然后是化學品與基因相互作用,其次是氣道梗阻相關化學品,之后是氣道梗阻相關基因,最后還有表型和通路相關數據。
數據庫還可以分析現有的化學品和基因相關數據,根據自身需要檢索相關基因或者化學品。
該數據庫還將解剖學及其相關表型與環境化學物質聯系起來,使它們可計算用于薈萃分析,并使 CTD 中化學和表型景觀的解剖學視角成為可能。2020 年, CTD 利用醫學主題詞中“解剖學”分支的修改子集作為其受控詞匯源,其中包括 1799 個用于解剖結構和區域、生理系統、流體和組織、細胞和亞細胞成分的術語。 目前,CTD中超過247000種化學-表型相互作用使用了870個解剖學術語。 用戶可以通過選擇門戶圖標向下鉆取可導航層次結構或使用 CTD 關鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項,從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數據,允許用戶從解剖學角度探索交互;這可用于識別不同生理系統(例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統)獨有或共享的化學物質和表型,或發現例如影響影響的 1158 種化學物質 心臟中有 600 種表型。同樣,已經開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學相結合,使環境健康科學家能夠調查暴露研究和組織和系統暴露化學應激誘導表型的細節。最后,為了幫助提高數據庫的互操作性。