m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA最常見的一種轉錄后修飾，占到RNA甲基化修飾的80%。絕大部分真核生物中， mRNA 5’UTR區域發生的甲基化修飾，在mRNA剪接、編輯、穩定性、降解、多腺苷酸化等方面發揮重要功能；而3’UTR區域發生的甲基化修飾有助于mRNA的出核轉運、翻譯起始以及與polyA結合蛋白一起維持mRNA的結構穩定。m6A甲基化酶廣泛參與哺乳動物的發育，免疫，腫瘤生成和轉移，干細胞更新，脂肪分化等生命過程。

    2020年4月至8月，梅州人民醫院和廣東省精準醫療與客家人群臨床轉化研究重點實驗室Gao-Min Liu團隊在Digestive Diseases and Sciences 雜志上發表了題為“Identifcation of METTL3 as an Adverse Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma”的文章，闡述了m6A相關基因在肝細胞癌（HCC）中的作用。作者主要探討了16個m6A相關基因在HCC中的基因特征，以及這些特征對HCC患者的臨床表現和預后的預測價值。
技術路線:

結果:
1.m6A相關的基因表達和遺傳改變
    在TIMER（https://cistrome.shinyapps.io/timer/）數據庫中，m6A相關基因在具有特定癌癥模式的癌癥中表達譜。這里作者分析了16個m6A相關基因 METTL3，METTL14，RBM15，VIRMA，WTAP，ZC3H13，FTO，ALKBH5，YTHDF1，YTHDF2，YTHDF3，YTHDC1 / 2和IGF2BP1 / 2/3在各種癌癥中的表達情況（圖1a）。
    其中，除ZC3H13外，在配對的HCC和TCGA-LIHC數據集中發現所有m6A相關基因在其50個HCC腫瘤樣品中均顯著上調（圖1b）。
    在cBioportal for Cancer Genomics（http://www.cbioportal.org/）數據庫中，有127/366（35％）患者顯示了m6A相關基因的某些遺傳改變。擴增和深度缺失突變是最常見的遺傳變異。 VIRMA是變化最頻繁的與m6A相關的基因（變化率為16％）（圖1c）。

2.m6A相關基因的預后作用
    作者根據每個基因的最佳切除將患者分為高表達組和低表達組。Kaplan–Meier曲線分析顯示了，晚期TNM分期，較高的METTL3表達，較高的YTHDF2表達，較高的YTHDF3表達，較低的ZC3H13表達以及無危險因素的患者OS明顯較其同行者差（圖2a– F）。

    晚期TNM分期和METTL3表達較高的患者RFS明顯較其他患者差（圖2g，h）。

    此外，在TNM I + II和III + IV患者中，較高的METTL3和YTHDF2表達水平與較差的OS相關（圖3a，b，e，f）

    在TNM I + II患者中，較低的ZC3H13表達和較高的METTL3表達水平與較差的OS和RFS相關，而在TNM III + IV患者中則不相關（圖3c，d，i，j）。

    根據TNM分期對患者進行分層時，YTHDF3的表達與OS無關（圖3g，h）。

3.METTL3，ZC3H13和YTHDF2在OS預后中的聯合效果分析
    METTL3和ZC3H13組合的聯合效果分析顯示OS在第3組中最差，在第2組中最好。 YTHDF2顯示OS在d組中最差，在a組中最好。 ZC3H13和YTHDF2組合的聯合效果分析表明，OS在B組中最差，在C組中最佳。METTL3，ZC3H13和YTHDF2組合的聯合效果分析表明，OS往往是最差的。 IV組和V組中最好。聯合效果的詳細分析結果如表3和圖4所示?？傊琈ETTL3，ZC3H13和YTHDF2的獨立預后作用以及聯合使用的意義這些預后因素。

4.METTL3的突變，CNV和甲基化分析
    我們進一步分析了METTL3失調的潛在機制，因為它是OS和RFS的獨立預后因素。UCSC Xena (https://xenabrowser.net/heatmap/)數據庫顯示METTL3 mRNA的表達與CNV和某些DNA甲基化位點相關，但與體細胞突變無關。來自cBioportal的癌癥基因組學突變圖進一步證實了366名患者/樣品中METTL3失調的體細胞突變的缺乏（圖5b）。

    在cBioportal for Cancer Genomics (http://www.cbioportal.org/)數據庫中，366名TCGA-LIHC患者中，以及在CCLE (https://portals.broadinstitute.org/ccle)數據庫中的973個癌細胞系和24個肝癌細胞系中，METTL3的mRNA表達與CNV呈正相關（圖5c– e）。

    METTL3的mRNA表達在cBioportal for Cancer Genomics (http://www.cbioportal.org/)數據庫中的366 TCGA-LIHC患者和21個肝癌細胞系中與DNA甲基化呈負相關，但在CCLE數據庫 (https://portals.broadinstitute.org/ccle)中的整個832個癌細胞系中卻沒有（圖5f–h）。

    DNA基因的身體甲基化，而不是啟動子或CpG島，與MethHC數據庫 (http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)中METTL3的mRNA表達呈顯著負相關（圖5i，j）。此外，在MethSurve (https://biit.cs.ut.ee/methsurv/)數據庫中，發現METTL3的DNA基因體區域中的cg01993413是HCC中OS的獨立預后因素（圖5k）?？傊珻NV和DNA基因體甲基化可能是METTL3在肝癌中異常上調的原因。

5.METTL3的潛在調控機制
    總共確定了393個上調基因和59個下調基因與METTL3表達顯著相關（圖6a）。其中有75個上調基因和27個下調基因（22.6％）與肝癌相關。

    進一步的功能富集分析顯示，在胚胎肢體形態發生，附件形態發生，跨膜轉運蛋白復合物和配體門控通道活性（特別是離子通道活性）方面，GO術語顯著豐富（圖6b）。在高METTL3組中，沒有KEGG途徑顯著豐富。

    總共鑒定出12個上調的microRNA和32個下調的microRNA與METTL3表達顯著相關（圖6c）。其中25例（56.8％）與HCC相關。

    總共鑒定出119個上調的lncRNA和6個下調的lncRNA與METTL3表達顯著相關（圖6d）。其中，只有四個lncRNA與肝癌相關

    最后，構建了一個包括8個lncRNA，6個microRNA和10個mRNA的ceRNA調控網絡（圖6e）。

結論:
    我們的研究鑒定了16個與m6A相關的基因，尤其是METTL3，這些基因可能是肝癌的潛在預后生物標志物。 此外，鑒定出顯著改變的基因，miRNA，lncRNA，并構建了一個ceRNA調控網絡來解釋肝癌中METTL3的上調。 但是，還需要進一步的研究驗證。