外泌體和非編碼RNA都是當下熱門的研究領域,并且非編碼RNA廣泛存在與外泌體,也可以通過外泌體發揮生物學功能。外泌體是由細胞分泌的一種直徑在30-150nm之間的囊泡,含有不同種類的RNA,可以調節受體細胞的行為,并且可以作為疾病的循環生物標記物,在血液,唾液,尿液等多種體液中都廣泛存在。
今天我們介紹一個人類血液外泌體circRNA、lncRNA和mRNA的數據庫exoRBase(http://www.exorbase.org/)。該數據庫收集了七個實驗的92個RNAseq樣品信息,共有58330個circRNA,15501lncRNA和18333個mRNA。數據庫收錄的樣本包括健康對照者32例,冠狀動脈心臟疾病(CHD)6例,結腸癌(CRC)12例,肝細胞癌(HCC)21例,胰腺腺癌(PAAD)14例,乳腺癌2例。該數據相關文章發表在Nucleic Acids Research(IF=11.501)期刊上。
打開數據庫網站會出現一個簡潔的頁面,有一個搜索框,還有其他模塊瀏覽,下載,搜索等。
我們試著搜索一下,搜索KARS,會出現基因的信息,包括基因類型,相關circRNA,表達豐度,組織特異性,樣本類型等。還會根據疾病組織表達情況繪制折線圖,熱圖或者箱型圖。
相關circRNA點擊后會出現如下信息,包括基因組位置,表達豐度,樣本信息,在疾病中表達情況。也根據疾病組織表達情況繪制折線圖,熱圖或者箱型圖。
瀏覽模塊分為兩部分,一部分是circRNA,另一部分是lncRNA和mRNA。我們以HCC為例檢索先關circRNA表達。
lncRNA與mRNA瀏覽界面與circRNA相似。
該數據庫還提供數據下載,有需要的可以自行下載。
今天就到這,下回帶大家看點別的。