急性髓系白血病（AML）是成年人最常見的急性白血病，目前治療仍以化療為主，但有70%左右獲得緩解的患者最終復發并演變為難治性白血病，導致治療失敗而死亡。轉錄調控異常是AML常見的分子特征。在AML中，造血轉錄因子常被認定為癌基因或抑癌基因。Hox蛋白是關鍵的轉錄因子，Hoxa9調控的轉錄程序參與AML的MLL融合、MOZ-TIF2、NUP98-NSD1、NPM1c或ASXL1融合/突變。這些突變上調了HOXA9的mRNA表達，并揭示了HOXA9過表達對小鼠造血細胞永生化的意義。然而，僅過表達Hoxa9并不足以發展成全面的AML，需要激活額外的輔助因子和/或合作通路。研究表明，多種信號通路與Hoxa9調控的轉錄程序相互作用，額外的分子機制可能影響Hoxa9驅動的增強子修飾。最近，日本癌癥研究基金會的Takuro Nakamura教授及其團隊發現Trib1在髓系白血病發生中調控染色質和Hoxa9驅動轉錄的新機制，相關研究以“Trib1 promotes acute myeloid leukemia progression by modulating the transcriptional programs of Hoxa9”為題發表在Blood雜志上，雜志影響因子為17.543。
研究思路：

結果：
1.Trib1過表達對Hoxa9誘導髓系白血病生成的影響
    作者使用逆轉錄病毒載體pMYs-IRES-GFP將Hoxa9和/或Trib1導入Trib1敲除小鼠的骨髓細胞，建立了不朽的骨髓細胞系，表達（Trib1 hi）或不表達（Trib1 null）Trib1的Hoxa9細胞表現出未成熟的髓系形態（A）。兩種細胞類型Mac1和Gr1均呈陽性，而Trib1 hi細胞中Mac1和Gr1表達水平下降，CD34表達升高，提示Trib1 hi細胞較Trib1 null細胞具有更多未成熟特征（B）。Trib1 hi細胞中，C/EBPα p42而不是p30被發現顯著降低，ERK磷酸化增強，IL-3刺激后延長（C，D），且與Trib1 null相比，Trib1 hi細胞也顯示出更高的增殖率和EdU摻入率，暗示Trib1誘導細胞周期的增加（E，F）。基因微陣列分析Trib1 hi/null細胞發現Trib1 hi特異性富集細胞周期以及C/EBP通路（G）。骨髓移植實驗發現只有Trib1 hi細胞才能在體內誘導白血病發生（H）。這些結果表明Trib1過表達促進了Hoxa9誘導的白血病發生。

2.AML中Hoxa9和C/EBPα的DNA結合特性
    Trib1 null和hi細胞中，Hoxa9的DNA結合峰的總體分布沒有顯著差異，其中39%和27%的DNA結合峰分別位于距離轉錄起始位點(TSS) 2 kb以內(A)。MEME分析發現Hoxa9 (FLAG)和C/EBP結合峰顯示了Hoxa9，C/EBPα和Meis1顯著的濃度，暗示Hoxa9和C/EBP在染色質水平上是接近的（B）。在Trib1缺失細胞中，Hoxa9和C/EBP的DNA結合出現了頻繁的關聯，且Hoxa9和C/EBP的結合峰有60.5%的重疊（C）。通過比較組蛋白H3K27ac和Hoxa9結合的分布。作者發現，在Trib1 null和hi細胞中，Hoxa9和H3K27ac峰經常同時出現(D)，而在Trib1 null和hi細胞中，H3K27ac的整體沉積并沒有太大差異。在Trib1 hi和null細胞的啟動子區、基因內區和基因間區檢測到Hoxa9、C/EBP和H3K27ac的共沉積，此外，通過ChIP-seq檢測了C/EBP在Trib1 hi細胞中的DNA結合，發現由于p42的降解而富集了p30亞型，且41.1%的C/EBP結合位點在hi和null細胞之間重疊，暗示p30可能在hi細胞中發揮不同的作用（E）。

3.Trib1能夠調節Hoxa9誘導AML中的超級增強子
    作者比較了Trib1 null和hi細胞間的超級增強子譜，發現437個和765個超級增強子分別與Trib1 null和hi細胞中63.1%和46.2%的Hoxa9結合位點相關（A）。通過對Trib1 hi或null特異性超級增強子的生物學過程通路的系統分析，我們確定了Trib1 hi細胞中的免疫系統、造血和骨髓細胞分化通路，提示Trib1 hi特異性超級增強子在造血系統中發揮重要作用（B）。作者識別由Trib1和Hoxa9調控修飾超級增強子活性的重要靶點，選擇了61個Trib1 hi特異性超級增強子，其中8個基因在Trib1 hi細胞中表達上調，并通過Trib1過表達鑒定為顯著修飾基因（C）。定量RT-PCR驗證這8個基因的mRNA表達水平顯著升高（D）。ChIP-qPCR顯示，Trib1 hi細胞中Erg、Spns2、Rgl1和Pik3cd基因座的H3K27Ac沉積顯著增加（E），且在這些基因中，包括+85干細胞增強子在內的Erg位點，可以觀察到Trib1 hi和null細胞之間H3K27Ac的顯著差異（F）。采用CRISPR/ cas9介導靶向Erg +85增強子，50 bp的純合缺失（包括增強子中一個假定的Hoxa9結合位點）消除了Erg的上調（G），表明Hoxa9在+85增強子上結合上調了Erg。

4.Trib1降解C/EBP對增強子和Hoxa9靶基因的作用
    在MEK1抑制劑U0126處理的Trib1 hi細胞中，發現超級增強子在Erg、Spns2和Pik3cd位點的H3K27Ac積累受到抑制（A），然而，mRNA表達的下調是邊際性的（B）。Trib1 null細胞的Cebpa沉默后， Erg、Spns2、Rgl1和Pik3cd超級增強子的H3K27Ac信號顯著增加（C），且這四個基因的表達顯著上調（D）。通過將編碼全長(p42和p30)或N端截斷(僅p30)蛋白的人CEBPA cDNAs引入CEBPA沉默的Trib1 null細胞中，發現p42部分恢復了Erg mRNA和蛋白的表達以及組蛋白H3K27Ac的積累，而p30的表達沒有恢復（E）。綜上所述，Trib1對C/EBP p42的降解是某些Hoxa9結合位點上增強子修飾的主要驅動力，而MEK/ERK的增強對這一事件略有貢獻。

5.Erg是Trib1作用于Hoxa9的重要靶點
    ChIP-seq分析顯示Trib1過表達上調了Erg水平，且Erg靶基因調控所需的Erg蛋白p55亞型的表達在Trib1 hi細胞中上調（A）。研究發現，與Trib1 hi細胞相比，表達Erg的Trib1 null細胞的增殖能力增強。相反，shRNA介導Erg沉默的Trib1 hi細胞顯示生長抑制（C），而CRISPR/ cas9介導Erg沉默進一步顯示Trib1 hi細胞的生長抑制等同于Trib1 null細胞（D）。此外，Erg缺失完全消除了體內Trib1 hi細胞的白血病發展（E），盡管在Trib1 null細胞中Erg過表達不會發展為白血病，這表明在與Hoxa9表達相關的Trib1增強AML中，Erg上調是必需的，但不足以促進體內白血病的發生。

6.BRD4抑制劑抑制Hoxa9誘導的白血病生長
    使用BRD4抑制劑JQ1處理Trib1 hi細胞, JQ1有效地以Trib1依賴的方式抑制白血病細胞的生長(A), 并抑制Trib1/Hoxa9靶向Erg和Spns2的表達，而不是Trib1 hi細胞中Rgl1和Pik3cd的表達(B)，且JQ1能誘導Trib1 hi細胞的單核細胞分化和早期凋亡（C，D）。作者又檢測了CDK7/8抑制劑THZ1作為超級增強子靶向藥物的作用，與JQ1相比，THZ1只表現出溫和的抗增殖作用，而沒有觀察到Erg和Spns2的下調（E，F）。骨髓移植Trib1 hi細胞后，一周后給小鼠注射JQ1，無論是否使用柔紅霉素和阿糖胞苷治療，JQ1治療都能顯著提高白血病小鼠的存活率（G）。總的來說，這些結果突出了靶向Trib1修飾的Erg超級增強子的重要性。

7.TRIB1-ERG軸在AML細胞中的參與
    通過分析TRIB1和HOXA9在人AML細胞系中的表達，發現在KU812和P39細胞株中，TRIB1和HOXA9表達水平較高，HL-60細胞ERG低表達提示HOXA9對ERG表達的調控機制可能不同（A）。shRNA介導的TRIB1缺失發現KU812細胞中ERG和SPNS2的下調（B），KU812細胞的生長受到抑制（C）。利用250 nM的JQ1處理KU812和P39細胞，發現其對KU812和P39細胞均有生長抑制作用，并抑制了兩株細胞的ERG表達（D，E）。這些結果表明，Trib1介導的ERG上調在人類AML白血病細胞生長中發揮重要作用。通過預后掃描在線平臺重新評估了ERG和SPNS2上調在人類AML中的可能作用，發現ERG或SPNS2的表達水平與正常核型AML的不良預后顯著相關（F）。總的來說，我們的結果表明ERG是Hoxa9和C/EBP的一個重要靶點，并且可以被Trib1調控。

小結：
1．Trib1通過降解C/EBP和修飾與Hoxa9相關的超級增強子來影響Hoxa9在髓系白血病發生中的作用。
2. Erg是Trib1和Hoxa9的關鍵靶點，對BRD4抑制反應迅速，在白血病發生中起關鍵作用。
參考文獻：
Seiko Yoshino, Takashi Yokoyama, Yoshitaka Sunami, et al. Trib1 promotes acute myeloid leukemia progression by modulating the transcriptional programs of Hoxa9. Blood. 2020.