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相分離數據庫PhaSepDB的介紹

欄目:最新研究動態 發布時間:2020-09-18
相分離是最近兩年非常火的領域,尚處于起步階段,發表文獻影響因子也比較高,也是NATURE,SCIENCE,CELL等高分期刊雜志上的常客...

    相分離是最近兩年非常火的領域,尚處于起步階段,發表文獻影響因子也比較高,也是NATURE,SCIENCE,CELL等高分期刊雜志上的常客。國自然相分離中標項目非常少,具有良好的研究前景。

    蛋白質液-液相分離(LLPS),是細胞內眾多無膜細胞器和生物分子凝聚體動態組裝的主要驅動力。鑒定相分離蛋白需要多種實驗,其中,體外重構相分離實驗通過嚴格控制各種條件,可以更方便地研究相分離現象;而細胞內,尤其是生理條件下相分離現象的鑒別檢測,對于研究相分離蛋白的生物學功能不可或缺。近年來,圍繞相分離的研究不斷涌現,發現了各種新的相分離相關蛋白,涉及到許多重要的生物學過程。但是,領域內卻缺乏系統性整合體內外實驗驗證的相分離相關蛋白數據庫。

    今天我們來講一下北京大學基礎醫學院醫學生物信息學系李婷婷研究組、清華大學陳陽研究組、歐洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究組在Nucleic AcidsResearch(IF=11.501)雜志上在線發表文章“PhaSepDB: adatabase of liquid–liquid phase separation related proteins”。該文章發布了目前包含體內外實驗驗證的液-液相分離相關蛋白質數據庫PhaSepDB(http://db.phasep.pro/),為進一步研究體內外蛋白質液-液相分離形成機制、蛋白特征以及在病理過程中潛在作用提供數據支持。

    PhaSepDB數據庫對近年來發表文獻、Uniprot數據庫內已有相分離相關蛋白 信息進行人工記錄及整合,目前已收錄2957個相關蛋白的4018條信息,2303個蛋白質(77.9%)位于不同的細胞器中, 661個蛋白質(22.1%)與已知細胞器不相關。該數據涵蓋三十多種無膜細胞器,提供相分離相關蛋白介紹、蛋白物質狀態、相關突變或疾病、對應文獻內容、相分離相關序列特征分析以及免疫熒光圖像。同時,網站提供基于無膜細胞器的圖形化導航,并支持搜索以及下載相分離相關蛋白。

    進入網站界面是這樣的,就是一個搜索界面,可以根據不用的蛋白ID進行搜索,還可以篩選數據來源,也可以下載數據資料。以FUS為例進行搜索,搜索結果如圖,結果提供蛋白質名稱、種屬、分布、已發表該蛋白相分離的文章及功能,還包括參考文獻具體說明,蛋白的生物信息學分析以及相分離的免疫熒光圖像。

    當然數據庫還支持數據下載,可以選擇不同的數據類型,數據就以excel形式保存。