de novo突變(DNM)與發散性疾病尤其是神經精神疾病有關。目前,全外顯子測序(WES)和全基因組測序(WGS)是檢測DNM的有效方法。今天小編給大家介紹一個可進行DNM搜索、下載甚至分析的數據庫---Gene4Denovo。
搜索用關鍵詞包括以下幾種:
gene symbol: such as ADNP (RefSeq system and UCSC known gene system)
genomic region: chromosome-start-end, such as chr1-20977000-20977900
cytoband: such as 1p36.12
transcript accession: such as NM_001040143 (RefSeq system)
the nucleic acid change in a certain gene or transcript: such as NM_001160233:exon11:c.1367T>C, NM_002645:exon33:c.5046G>A:p.A1682A, ING1:c.562C>T, RXRA:p.R188W
the genomic coordinate of a variant: chromosome-coordinate-reference-alteration, such as chr6:157459100:A:G
the DN id, the variants identifer of Gene4Denovo, such as dn65354
1.在主頁進行快速搜索
2.高級搜索:可一次輸入多個關鍵詞進行批量搜索
用戶需填寫以下信息,上傳需進行分析的數據(VCF4格式):
分析結果會以郵件的形式發送到所填郵箱中,結果包括識別DNM在內的共隔離變異、注釋、確定病原性變異和風險基因的優先級。
數據庫按照字母排序,用戶也可根據自己的需求對基因進行排序
單擊基因,即可獲得該基因的詳細信息。包括:基因基本信息、基因功能、表型、表達、相關疾病、不同人群中的變異以及基因藥物的相互作用。
目前,該數據庫支持以下5種數據的下載。