導語：
在這里，我們探索5個LUSC配對樣本中circRNA和mRNA的表達譜。 通過分析差異表達的circRNA和失調的mRNA的共表達網絡，尋找出關鍵的調節基因——circTP63。
結果分析：
1、circTP63在LUSC中上調表達：
通過同時分析circRNA 和mRNA在5對配對的LUSC樣品和健康組織中的表達譜，一共鑒定出7081個異常表達的circRNA，其中上調的有3157，下調的有3924個，差異表達的mRNA鑒定出2932個，其中上調的有979個，下調的有1853個（圖1a step 1， 圖1b）。選出差異最顯著的前50個circRNA，從KEGG分析中挑選最顯著的細胞周期途徑中的109個基因，對50個circRNA和109個mRNA做共表達分析（圖1a step 2，圖1 c），篩選出6個可能參與細胞調控的circRNA（圖1a step 3）。對這6個circRNA做RNase R酶消化處理和RT-PCR驗證，篩選出hsa_circ_0068515（circTP63）（圖1a step 4，圖1 d）。微陣列數據分析顯示circTP63上調表達（圖1e），qRT-PCR結果顯示circTP63在LUSC組織中顯著上調表達（圖1f）。并且LUSC組織中circTP63的表達增加與腫瘤體積的增大和患者TNM分期的升高呈顯著相關（Table 1）。

                                   圖1 circRNA表達圖揭示circTP63在LUSC中上調表達

 2、circTP63在LUSC細胞中的特征
作者評估了circTP63的外顯子結構，circTP63是由CTP63基因的10到11的外顯子反向剪切連接衍生而來（圖2a）。PCR分析表明不同的引物可以擴增來自cDNA的產物，但不能擴增來自gDNA的產物（圖2b）。Northern blot結果表明circTP63可以在295nt出檢測到，與預測大小一致（圖2c）。用轉錄抑制劑Dactinomycin處理的H1703細胞中circTP63和TP63，結果表明circTP63的半衰期超過24h，穩定性比TP63好（圖2d）。circTP63轉錄產物優先定位于細胞質中（圖2e）。

                                                   圖2 circTP63在LUSC細胞中的特征
3、circTP63促進細胞增殖和腫瘤生長
我們發現在SW900和H1703細胞中，circTP63 siRNAs可以成功地下調circTP63的表達，但對TP63 mRNA的表達沒有影響（圖3a）。circTP63在H226和H2170細胞中過表達，TP63 mRNA表達無明顯變化（圖3b）。表明TP63的表達不受circTP63的影響。沉默circTP63可以明顯抑制細胞增長（圖3c）。穩定過表達circTP63可以顯著提高細胞的存活率（圖3d）。細胞周期分析表明，與對照組相比，沉默circTP63可減少G2/M期細胞數量，但增加G1期細胞數量（圖3e）。circTP63的異位表達導致細胞從G1/S期向G2/M期發展（圖3f）。我們發現circTP63的過表達顯著增加了H2170細胞的腫瘤生長，circTP63可顯著提高腫瘤體積和重量（圖3g）。si-circTP63明顯抑制了H1703中腫瘤的生長（圖3h）。

                                               圖3 circTP63促進細胞增殖和腫瘤生長
4、circTP63通過靶向FOXM1促進細胞增殖
在共表達網絡中，根據Pearson相關系數值篩選25個相關的mRNA（圖4a）。微陣列數據顯示，25個mRNA在LUSC組織中顯著上調，FOXM1在LUSC中上調超過8倍（圖4b）。我們進一步確認了35對LUSC樣品中FOXM1的上調水平（圖4c）。與KIF18B或BRCA1相比，circTP63的表達與FOXM1呈最顯著的正相關（圖4d）。FOXM1在LUSC組織中顯著上調，與circTP63呈正相關(圖4e)。qRT-PCR和western blot結果顯示，circTP63敲低顯著降低了FOXM1 mRNA和蛋白的表達水平，而當circTP63過表達時則相反(圖4f)。因此認為FOXM1是circTP63的一個重要靶基因。FOXM1的敲除可以抵消circTP63促進細胞增殖的作用(圖4g)，而FOXM1的過表達可以通過敲除circTP63，顯著挽救H1703細胞的增殖抑制(圖4h)。

                                                  圖4 circTP63通過靶向FOXM1促進細胞增殖
5、circTP63可以減輕miR-873-3p對FOXM1的抑制
構建了circtp63 - miRNA - foxm1網絡，包括22個候選miRNA，包含circTP63和FOXM1的共同結合位點(圖5a)。我們觀察到多個miRNA能夠降低熒光素酶活性，其中miR-873-3p下降最多，至少80%(圖5b)。然后作者構建了AGO2免疫沉淀系統檢測circTP63是否作為AGO2和miR-873-3p的平臺，如圖5c所示，轉染細胞中circTP63在miR-873-3p中特異性富集。熒光素酶報告基因檢測顯示，與對照或突變相比，轉染miR-873-3p后，circTP63或FOXM1野生型報告基因的熒光素酶活性顯著降低(圖5 d)。作者發現，circTP63過表達或敲除可以進一步增加或降低FOXM1野生型報告基因的熒光素酶活性(圖5e)。在miR-873-3p捕獲的分數中，與陰性對照組比較，circTP63和FOXM1分別有近三倍和近六倍的富集，過表達circTP63 會導致FOXM1 在miR-873-3p 中的富集減少(圖5f)。作者還在細胞中評估了過表達miR-873-3p后FOXM1的表達。結果表明，miR-873-3p顯著降低了FOXM1表達，但circTP63過表達挽救了FOXM1的表達(圖5g)。作者研究了miR-873-3p對細胞增殖的影響，miR-873-3p過表達抑制細胞增殖，而circTP63過表達可挽救miR-873-3p介導的細胞增殖和周期抑制(圖5h)。

                                            圖5 circTP63可以減輕miR-873-3p對FOXM1的抑制
6、circTP63通過FOXM1調控CENPA和CENPB
在circTP63過表達后檢測8個候選基因的mRNA水平，結果表明，CENPA、CENPB、CCNB1均受circTP63調控，另有5細胞周期相關基因無明顯變化(圖6a)。FOXM1 siRNAs顯著減弱了circTP63對CENPA和CENPB的影響(圖6b)。細胞增殖分析表明，單獨敲除CENPA或CENPB可降低circTP63過表達對細胞增殖的影響，當同時敲除CENPA和CENPB時，細胞增殖抑制作用更為顯著(圖6c)。FOXM1的升高可促進CENPA和CENPB的表達，然后驅動細胞周期進展和細胞增殖(圖6d)。

                                        圖6  circTP63通過FOXM1調控CENPA和CENPB
結論：
circTP63競爭性結合miR-873-3p，消除miR-873-3p對FOXM1的抑制作用，進而促進細胞增殖。
參考文獻：
Cheng Zhuoan,Yu Chengtao,Cui Shaohua et al. circTP63 functions as a ceRNA to promote lung squamous cell carcinoma progression by upregulating FOXM1.[J] .Nat Commun, 2019, 10: 3200. IF：11.878