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m6A研究又有新手段了?趕緊來了解一下吧!

欄目:最新研究動態 發布時間:2019-08-14
RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一,Cell上新發表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNA m6A水平的Resource文章......

RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一,目前主要的研究思路包括差異表達的write,reader和eraser基因分析;m6A抗體檢測全轉錄組甲基化水平;分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機制研究。而在7月25日的Cell上新發表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNA m6A水平的Resource文章,小編第一時間和大家分享一下。

 作者開發這一方法的前提是有研究報道了MazF能特異性的識別無修飾的ACA序列并發揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的第一個A發生m6A甲基化之后將無法被MazF所識別,如圖一所示。

                                                                                                          圖1 MazF RNA酶作用示意圖
 根據這一原理,作者將純化后的mRNA進行MazF酶處理,然后再對打斷的RNA進行逆轉建庫測序。對于無修飾的位點,ACA處被完全剪切,測序reads正好分布于該位點上下游而且比對至該處的上下游reads數是相同的.如圖2所示。而甲基化位點的reads會包含上下游的序列。作者開發了MAZTER-MINE軟件包專門進行分析(圖3)。

                                               圖2 MAZTER-Seq實驗流程圖

                                                                                                                 圖3 MAZTER-MINE分析m6A示意圖
       接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下,檢測到的剪切效率顯著高于野生型(剪切效率高代表低m6A水平),m6A抗體富集后的樣品剪切效率也顯著低于未富集的Input組。整體水平可靠,那檢測的特異性位點是否準確呢?作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標記層析檢測,發現預測的位點準確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中,作者則是與m6A抗體IP的方法進行了比較,也證實了這一方法的可行性。

 


                                                                                                                                                     圖5 MAZTER-Seq檢測結果驗證

                                                                                                             圖6 MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析
       此外,后文中作者也在大規模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態和酵母減數分裂模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統;并進一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細胞間m6A水平的保守性;也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術,其他部分暫不過多分析了。新的技術能大大拓展我們的研究內容;對于這一技術,不知大家怎么看呢?